המשרד להגנת הסביבה ביקש לבטל את היתר הרעלים בטענה כי חברת הכימיקלים מחזיקה חומרים מסוכנים בקרבת תחנת רכבת ואולם אירועים בעיר רחובות, דבר המהווה סכנה במקרה של רעידת אדמה או נפילת טילים.
המשרד טען בנוסף כי החברה זייפה את היתר הרעלים שלה על ידי הוספת חומר בשם בנזן למסמך ההיתר ללא אישור, וכי קיימים ליקויים חמורים בתהליך האחזקה והניהול של החומרים. עוד נטען כי בעל החברה אינו עומד בתנאי "אדם הגון" הנדרש לפי החוק בשל החשדות הפליליים נגדו.
מנגד, חברת סהר ציוד מעבדה וכימיקלים טענה כי כל הליקויים שנמצאו תוקנו והיא עומדת בכל דרישות המשרד להגנת הסביבה. החברה שכרה את שירותיה של ד"ר איזבלה אפיק, מומחית לחומרים מסוכנים, לצורך ליווי תהליך התיקון והציגה חוות דעת מקצועית התומכת בכך.
החברה גם דחתה את טענת הזיוף וציינה כי החקירה המשטרתית בנושא נסגרה ללא הגשת כתב אישום, דבר שלטענתה מוכיח את חפותה. בנוסף, היא טענה כי העובדה שהמשרד לא נקט בפעולה מיידית לתיקון המצב מצביעה על כך שאין סיכון מיידי לציבור או לסביבה.
בית המשפט קיבל את טענות עו"ד קובי בר-לב, העוסק בתביעות איכות סביבה ורישיון עסק שייצג את החברה, וקבע שיש לבטל את החלטת המשרד שלא לחדש את היתר הרעלים. בית המשפט הורה על חידוש ההיתר במלואו וחייב את המשרד להגנת הסביבה בהוצאות משפט בסך 25,000 שקל.

החלטת בית המשפט נומקה בכך שהמשרד להגנת הסביבה לא הציג תשתית עובדתית מספקת להצדקת שלילת ההיתר, ולא הוכיח כי מדובר בסיכון ברור לציבור או לסביבה. בנוסף, לא נמצאו ראיות מספיקות לתמיכת טענת הזיוף, במיוחד לאחר סגירת החקירה הפלילית נגד החברה.
לגבי הטענה כי בעל החברה אינו עומד בתנאי "אדם הגון", קבע בית המשפט כי גם טענה זו לא הוכחה. השופט דרור ארד איילון ציין כי החברה הציגה ראיות לתיקון כל הליקויים, כולל חוות דעת מומחית המעידה על עמידתה בדרישות. בית המשפט גם הדגיש כי המשרד לא נתן משקל מספק למאמצי החברה לשפר את התנהלותה ולפעול בהתאם להנחיותיו.

באשר לטענות המשרד לסיכון סביבתי, קבע בית המשפט כי המשרד לא הציג ראיות מדעיות מספקות להוכחת סיכון משמעותי לאולם האירועים או לתחנת הרכבת הסמוכים. לסיכום, בית המשפט קבע כי החלטת המשרד לא הייתה מוצדקת בהסתמך על הראיות, ולכן הורה על חידוש היתר הרעלים של החברה.